ta strona być może używa plików cookie, korzystając z niej zgadzasz się na użycie plików cookie — więcej informacji
nieskończona głębia ostrości lub dekonwolucja dla ubogich
Załóż konto | Edycja konta | Wyloguj się | Zaloguj się
Strona główna | Szukaj | Moderatorzy i Admin
Bio-forum.pl » Jaki to grzyb? Mykologia » Kąciki tematyczne » Mykologia. Warsztat. » Mikroskopia i mikrofotografia » nieskończona głębia ostrości lub dekonwolucja dla ubogich
i
2006.02.17 10:53 #27856
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1037
Robiłem ostatnio rozpoznanie różnego oprogramowania do korekty, obróbki fotografii.

Postaram się tu przedstawić nieco przemyśleń i rezultatów. Może się komuś jeszcze przyda lub ma się też czym podzielić.
Niektóre sprawy potraktuję bardzo skrótowo. Jeśli będzie ktoś chciał wiedzieć więcej proszę się dopytywać.

Na pierwszy rzut idzie kwestia składania obrazków z nikłą głębią ostrości (jak to pod mikroskopem).

Innymi słowy: jak to co robimy jeżdżąc srubą mikrometryczną w górę i w dół, aby np. zobaczyć ostro górną powierzchnię zarodnika a potem jego ścianę w przekroju i wnętrze, zrobić na fotografii.

c.d.n. To będzie seria postów bo tak mi łatwiej pisać, po kawałku.
i
2006.02.17 13:51 #27872
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1038
Więc tak zrobiłem taką oto serię obrazów zarodników Bovista limosa (tak Aniu, to co znalazłaś w Czechach na poboczu drogi przy zbiorniku (wyrobisku piachu?)) to ten gatunek. Przynajmniej z kilku różnych kluczy tak mi wychodzi.

Razem było 16 przekrojów optycznych, pod obj. x100, z imersją, z posuwem pomiędzy kolejnymi zdjęciami o 0.5 działki śruby mikrometrycznej, tj. z posuwem obiektywu (a że imersja to i obrazu) o 0.5 mikrometra. Dla wygody dalszej prezentacji będę mówił o poziomie warstwy od 0 do +7.5 mikrometra licząc od dołu w górę preparatu. Szerokość obrazka ok. 33 mikrometry.

Poniżej dla przykładu kilka przekrojów optycznych:

warstwa +1, zarodnik "na godz. 10" optycznie przekrojony w środku, widać drobną chropawość ściany komórkowej
3-2566

warstwa +2.5, zarodnik na godz. 3, widać chropowatość ściany komórkowej "od spodu" zarodnika
3-2568

warstwa +4, ten sam zarodnik na godz. 3, widać tym razem przekrój optyczny przez środek i chropowatość ściany komórkowej na jej obwodzie, to samo widać u zarodnika na godz. 5
3-2571

warstwa +6.5; zarodnik na godz. 3, chropowatość "na górze zarodnika"
3-2576

Głebia ostrości przy obserwacji ocznej w mikroskopie wynosi w tych warunkach kilka dziesiątych mikrometra, nie przekracza 1 mikrona.

(wiadomość edytowana przez Marek 19.lutego.2006)
i
2006.02.17 13:57 #27873
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1039
Jeszcze uwaga do zdjęć.
Preparat w laktofenolu, ok. 3 doby, stąd takie błękitne sterygmy. Wybarwienie to sprzyja też lepszemu kontrastowi urzeźbienia ściany komórkowej.

Proszę zauważyć jak przy posuwie 5.5 mikrometra pomiędzy pierwszym a ostatnim zdjęciem, zarodnik na godzinie 10 przestaje być widoczny (zostaje jedynie nieostra plama).

Proszę zauważyć jak uwidaczniają się poszczególne odcinki sterygmy u zarodnika na godz. 5 - bo jest ona ustawiona ukośnie w stosunku do powierzchni szkiełka, końcem w dół.
2006.02.17 14:05 #27874
Zmień/Popraw · Usuń
Anna Kujawa (ania) na forum od maja 2003, wypowiedź #2605
Bovista limosa chyba - o fajnie :-)
Włośnię też jej fotografowałeś?
i
2006.02.17 14:16 #27875
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1040
W trakcie swoich poszukiwań znalazłem sprytny programik - Helicon Focus.

Oto efekt jego działania, złożone zostały warstwy do 0 od +6.5:

skladak

Ogladając na stronie
http://heliconfocus.com/pages/index.php?focus_overview
efekty działania można by oczekiwać czegoś lepszego.

Problem wynika ze sposobu działania - program automatycznie (i zadziwiająco szybko i poprawnie) wyszukuje ostre miejsca w każdym z obrazów (z pewnymi płynnymi przejściami - maskowanymi stopniem przeźroczystości) i składa je ze sobą.

Daje to zadziwiająco spektakularne rezultaty przy obiektach nieprzeźroczystych, W przypadku jednak przeźroczystych lub prześwitujących. Jak w przypadku powyższych obrazów mikroskopowych, efekty nakładania się poszczególnych warstw daję nienajlepsze wyniki. Poza tym ojawia się sporo artefaktów.

c.d.n.

(wiadomość edytowana przez Marek 17.lutego.2006)
i
2006.02.17 14:39 #27876
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1041
Do Ani:

Włośnie są takie bardziej drzewiaste (pierwsza fotka) i takie mniej rozgałęzione (druga - jak sie przypatrzyc to widac ze sa to 3 osobne "wloski"). Za mało jestem opatrzony w tych historiach aby wyrokować czy te mniej rozgałęzione to już są wystarczajaco Lycoperdon-type.
Bez sept (nie dopatrzyłem się żadnych) i bez jamek.

2-8666

3-2545

To czy blizej scianek sa bardziej lycoperdon-type, a w centrum bardziej bovista-type, jak pisza w opisie B. limosa - to szczerze mowic zbyt subtelne rozroznienia jak dla mnie - zwlaszcza jak sie ta "splatana wata" ciagnie z "takiej purchawy" :).

(wiadomość edytowana przez Marek 17.lutego.2006)
2006.02.17 15:08 #27877
Zmień/Popraw · Usuń
Sebastian Pinczer (spinczer) na forum od września 2004, wypowiedź #1517
Pimpek, myślę, że ten program to coś w sam raz na potrzeby twoich eksperymentów z fotkami
spod binokularu ;-)))
i
2006.02.17 22:01 #27895
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1043
Na pożegnanie tego tematu jeszcze raz "składana fotka" tym razem pliki źródłowe miały skorygowaną aberację chromatyczną (o tej, naprawdę użytecznym procesie w cyfrowej obróbce fotografii, napiszę w kolejnym wątku, nie dzisiaj) i były użyte pełnowymiarowe pliki TIFF zamiast małych JPG.

składak2

Efekt niewiele lepszy jeśli chodzi o informacje. Choć fotka bez aberacji chromatycznych oczywiście ładniejsza.

Będzie jeszcze jeden wątek o prawdziwej dekonwolucji 3D (co to jest wyjaśnię :) ) też dla ubogich ale inaczej, bo na darmowym oprogramowaniu. Ale to nieco później bo jeszcze eksperymenty trwają.
2006.02.19 09:02 #27949
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1055
Tak, Aniu, oczywiście to Bovista limosa. Pisząc ten wątek siedziałem już w opracowaniu swoich Lycoperdon, stąd przy szybkim pisaniu przejęzyczenie.
Dzięki za czujność.
i
2006.03.01 13:01 #28234
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1071
Jeszcze o składaniu ostrych fragmentów obrazków, w stosie obrazków.

Jest kilka programów wspomagających takie operacje. Między innymi darmowy Combine Z5
http://www.hadleyweb.pwp.blueyonder.co.uk/CZ5/combinez5.htm

Przy okazji trafiłem na fajne forum o mikroskopowaniu (ale w mało zrozumiałym dla mnie języku : ) ):
to można zobaczyć między innymi efekty użycia Combine Z5:
http://forum.mikroscopia.com/index.php?showtopic=3055

Jest też na tym forum dział poświęcony mykologii. Niektóre fotki b. b. ciekawe:
http://forum.mikroscopia.com/index.php?showforum=115
2006.04.11 22:35 #29813
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1252
Tak, dla potomnych.
Po bliższym przyglądnięciu pod mikroskopem rzekoma Bovista limosa okazała się być bardziej trywialną Bovista pusilla.
2006.04.12 06:54 #29819
Zmień/Popraw · Usuń
Anna Kujawa (ania) na forum od maja 2003, wypowiedź #2717
To dlaczego ma takie wyraźne i długie sterygmy? Zarodniki B. pusilla nie mają sterygm.
i
2006.04.12 09:36 #29831
Zmień/Popraw · Usuń
Marek Snowarski (marek) na forum od kwietnia 2001, wypowiedź #1255
Sorry, palnąłem.

Pisząc drugi post w tym wątku nie wiedziałem jeszcze tego o czym poniżej.

Sprawa jest poplątana. W tym samym miejscu była mieszanka 3 gatunków:
B. pusilla
http://www.grzyby.pl/gatunki/Bovista_pusilla.htm

B. plumbea (to jej zarodniki i włośnia są pokazane w tym wątku)
http://www.grzyby.pl/foto/znalezisko-20051002.4a.05.htm

i niedojrzałe Vascelum pratense

Gatunki wszystkich trzech owocników były fotografowane "do kupy" bez rozróżnienia w tym momencie (zaparowane okulary, deszcz, pośpiech :) )

Dopiero przy przeglądaniu zbiorów zostały rozróżnione.
Limosa wyszła na początkowym etapie oznaczania z tego, że oglądałem pod mikroskopem zarodniki z jedynego egzemplarza B. plumbea w tej mieszance i jednocześnie łączyłęm je makro-fotografiami B. pusilla.

Lekkie :) zamieszanie. Ale rozwikłane.
2006.04.12 09:47 #29833
Zmień/Popraw · Usuń
Anna Kujawa (ania) na forum od maja 2003, wypowiedź #2723
:-(((( szkoda :-((( że nie limosa

Czy jesteś pewien/pewna, że masz coś (rzeczowego) do dodania?
Wypowiedź:
Użytkownik: Jak wysłać wypowiedź:
Wysyłanie wypowiedzi w tym dziale wymaga założenia konta.
Maksymalna dopuszczalna waga obrazka to ok. 150kb a jego szerokość to max. 800 pikseli.
Hasło:
Opcje: Włącz kody HTML w wypowiedzi
Automatycznie aktywuj adresy WWW (URL) w wypowiedzi
Akcja: