Jak zapowiadałem pięterko wyżej - pobawiłem się po raz drugi free pluginem do ImageJ realizującym dekonwolucję obrazów mikroskopowych
tutaj więcej informacji o tym narzędziu
http://bigwww.epfl.ch/demo/deconvolution3D/

Tym razem udało się. Tzn. program działa, choć użycie nie należy do prostych. Coś robi, z jakim skutkiem to mi jeszcze trudno oceniać.

Dane były zebrane dość chałupniczo i niezbyt precyzyjnie. Obiekt też chyba nie najlepszy. No i doświadczenia jeszcze brak.

Na obrazkach 8 warstw, z posuwem o +-3.33mm, robionych obiektywem x16/0.4 apochromat Zeiss
do dekonwolucji wziąłem zielony kanał bo program pracuje tylko na obrazkach 32-bit greyscale.

Obiekt to sferocyty z egzoperydium rzekomej Lycoperdon pyriforme.

oryginalnie warstwy, tak jak zfotografowane:

Algorytm ForWaRD

scale reduction 1


scale reduction 3

Algorytm Iterative Restoration


25 interacji, gamma 0.125


50 interacji, gamma 0.125


100 interacji, gamma 0.125

Algorytm Regularized Inverse Filtering


lambda 0.2

I jeszcze dla wyobrażenia jak wygląda PSF dla tych obrazków.

PSF jest pokolorowany (LUT) i z silnie zwiększonym kontrastem. Aby było coś widać.

Tak się rozkłada wg. prostego modelu obraz jednego punktu w poszczególnych warstwach po stronie obrazowej mikroskopu.

a tak wygląda PSF w użyciu, bez kolorowania i podnoszenia konstrastu